С создания отдела охраны началась деятельность заповедника. Главная задача отдела обеспечить соблюдение режима заповедника   в целях сохранения биоразнообразия  охраняемых природных комплексов и объектов низовьев дельты Волги.

Отделом охраны руководит заместитель директора по охране (начальник охраны). Его заместителем и исполнителем  делопроизводства является старший госинспектор. Охрана заповедника осуществляется  двумя способами – кордонным и вахтовым. На территории заповедника – 9 кордонов, с постоянным проживанием на них инспекторского состава. На каждом из участков имеется центральный кордон. Участками руководят старшие госинспектора, у которых есть заместители — участковые инспекторы. Суходольная часть заповедника охраняется инспекторами, за которыми закреплены обходы.

Патрулирование территории заповедника осложняется, тем, что она расположена в островной части дельты Волги, густо пересеченной водотоками

Патрулирование авандельты Каспийского моря осуществляется инспекторами участков и опергруппой Управления Астраханского биосферного заповедника вахтовым способом.

Средняя протяжённость пути по авандельте 145 км.

Акватория авандельты покрыта куртинно-кулисными тростниковыми зарослями, перемещающимися с чистинами. Последние в летний период представляют собой луга из подводной растительности. Здесь много небольших островов, также покрытых тростниковыми зарослями, в которых чаще всего задерживаются браконьеры и поэтому  авандельта требует пристального внимания.

10 месяцев в году патрулирование   обходов осуществляется на лодках по протокам, а в период ледостава (2 – 3 месяца) на автомототранспорте и аэроботе.

Функции отдела охраны:

1. Заповедно-режимные, — борьба с браконьерством, противопожарные мероприятия, устройство противопожарных разрывов с минерализованными полосами, организация дежурства на радиостанциях во время пожароопасного периода, противопожарная пропаганда,  Патрулирование территории заповедника и его охранных зон. Своевременное отслеживание очагов возгорания. Тушение пожаров на территории заповедника и его охранных зонах.

  1. Хозяйственные — изготовление и ремонт пожарных швабр, ремонт технических средств  (мотороллеры, лодки, подвесные моторы и др.), ремонт зданий и сооружений, укрепление берегов на кордонах, благоустройство кордонов, сбор сплывающего мусора на территории заповедника. Сюда же входят, ремонт и изготовление аншлагов и  граничных знаков, подготовка технических средств для тушения пожаров.
  2. Лесохозяйственные —  отвод лесосек, выборочные рубки, очистка леса от захламлённости, лесовосстановительные работы (посадка лесокультур),  Фенологические наблюдения, биотехнические мероприятия, (водные прокосы, разборка завалов деревьев, подкормка бедствующих животных, изготовление и ремонт кочек для кабанов).
  3. Ведение делопроизводства в отделе охраны: производство по делам        административных правонарушений,                         статистическая  отчетность, декларирование хозяйственной деятельности, обработка информационных данных охраны заповедника в ГИС.  Проведение тренингов по подготовке специалистов в области охраны ООПТ.